Археологический заповедник «Горгиппия» представляет собой исследованную часть древнего города, экспозицию под открытым небом, состоящую из комплексов: «Архитектура», «Некрополь Горгиппии» и «Сельское хозяйство». Археологический заповедник «Горгиппия» – это семь тыс. кв. м. остатков кварталов окраины античного города: фундаменты и подвалы жилых домов, внутренние дворики, колодцы, ямы, водостоки, винодельческие комплексы, оборонительные сооружения. С материальной и духовной культурой античного города знакомит недавно открытая музейная экспозиция «Античный город Горгиппия». Художественное решение условно воссоздаёт главную площадь с храмом, культовыми сооружениями и торговыми лавками. Представленные в экспозиции комплексы отражают темы: «Торговые связи Горгиппии», «Общественно-политическая жизнь», «Культы Горгиппии», «Керамическое и металлообрабатывающее ремёсла», «Медицина», «Дом и частная жизнь», «Некрополь».

Отдел краеведения Анапского археологического музея расположен в отдельном здании и включает в себя несколько тематических экспозиций. Экспозиции отдела краеведения знакомят с природой Анапского района, флорой и фауной морских глубин, лечебными составляющими курорта, богатой историей города. Стационарные экспозиции: «Анапа в русско-турецких войнах», «История курорта Анапа», «Виноградарство и виноделие в Анапском регионе», «Анапа в годы Великой Отечественной войны», «Анапа сегодня» отражают ее основные этапы. В 1999 г. открыт мемориальный зал памяти подвижницы монахини матери Марии, урожденной Е. Ю. Пиленко (поэтесса Кузьмина-Караваева).